Baktérie zohrávajú v akváriu dôležitú úlohu a plnia funkciu nazývanú biologická filtrácia. Prospešné baktérie rozkladajú odpad z rýb a odumreté organické látky na jednoduché látky - dusičnany, fosfor, draslík a oxid uhličitý. Tieto látky sú prijímané rastlinami ako živiny a CO2 zároveň udržiava pH vody na optimálnej úrovni. Rybám a rastlinám sa potom v akváriu darí bez potreby väčších vonkajších zásahov a rast rias je obmedzený na minimum.
Bactoesex obsahuje nielen baktérie, ale aj živiny pre baktérie, takže sa baktérie množia rýchlejšie.